在喧嚣与狼藉彻底平息之后，庞大的回收作业有条不紊地展开。
二号机被专业的工程队伍固定在巨大的海上平台上，连同那具同样庞大的鱼天使尸体，一同被运往NERV日本总部。
在交接的混乱与掩护之下，一架不起眼的运输机悄然降落。
在没有引起任何注意的情况下，加持良治将一个手提箱，不动声色地交到了碇源堂的手中。
箱子里，便是从SEELE德国支部窃取而来的，人类补完计划最关键的钥匙之一——亚当的胚胎。
之后，明日香也加入了NERV，然后被张启以没有房间为名，将想要和他一起住的明日香塞给了葛城美里。
之后又回到了短暂而平静的日常，但对于真正的棋手而言，一场战斗的结束，仅仅是另一场博弈的开始。
SEELE那群古老而顽固的幽魂们，自以为掌握着通往神域的全部地图。
他们拥有亚当的灵魂，以及其在第二次冲击中四分五裂的身体残片；
他们解析出了S2机关的理论，控制着人类的母亲莉莉丝，以及唯一能够抑制其力量的朗基努斯之枪。
在他们的剧本里，万事俱备，只欠一个东风——那便是将所有前来叩门的使徒悉数歼灭。
也正因如此，他们才会默许碇源堂将第三新东京市打造成一个巨大的要塞、并将莉莉丝作为勾引使徒前来的诱饵。
这样当NERV解决完全部的使徒之后，他们就能直接启动人类补完，让人类回归莉莉丝的母体，成为究极生命。
然而，他们低估了棋盘上另一个玩家的野心。
碇源堂，这个看似忠诚的执行者，早已在暗中布下了自己的棋路。
他通过绫波丽这一系列的克隆体，巧妙地将莉莉丝那懵懂而原始的灵魂牢牢攥在了自己手中。
现在，经由张启和加持良治的运作，作为使徒“父亲”的亚当，也已落入他的掌控。
在碇源堂的视角中，棋盘已然清晰。
一旦最后一只使徒倒下，就是他掀翻棋盘，无视SEELE的规则，强行启动属于他自己的“人类补完计划”的时刻。
而这两边都不知道的是，另一个棋手也悄然加入了棋局……
“还真是厉害啊……”
在戒备森严的私人实验室内，张启凝视着全息屏幕上投射出的、复杂到令人头晕目眩的基因图谱，由衷地发出了一声赞叹。
这是从那块微小的亚当胚胎组织上解析出的遗传信息，是生命之树的根源，是所有使徒的原点。
它的到来，连同之前获得的三具使徒尸体——水天使、昼天使、雷天使，以及刚刚送达的鱼天使样本，终于为他补齐了解析S2机关的最后一块，也是最核心的一块拼图。
正如他与强殖装甲世界的他所共同推测的那样，S2机关的运作原理与兽神将和巨人殖装体内的核心动力单元，存在着惊人的相似性。
这在生物学领域叫做趋同进化，两种或两种以上亲缘关系甚远的生物，由于栖居于同一类型的环境之中事，会演化成具有相似的形态特征或构造的现象。
为了支撑超级生命体的能源，在不同宇宙之中的两个文明都发展出了类似的技术。
它们本质上都是一种基于特定细胞组织的能量转换器官，能够直接从被称为“狄拉克之海”的虚数空间中，汲取近乎无穷无尽的能量。